يتمتع مركز العلوم البيئية في جامعة قطر بتاريخ عريق أساسه سجل طويل من البحوث الأساسية والتطبيقية والاستشارات وبناء القدرات الوطنية منذ بداية تأسيسه عام 1980 بموجب مرسوم أميري تحت مسمى مركز البحوث العلمية والتطبيقية. وفي عام 2005، أعادت الجامعة هيكلة المركز وتمت تسميته بمركز الدراسات البيئية. أوكلت للمركز حينئذ مهام إجراء البحوث والدراسات المتعلقة بالتنمية المستدامة في البلاد، وحقق العديد من الدراسات الأساسية المتعلقة بالبيئة البحرية بشكل خاص باستعمال سفينته البحثية الأولى (مختبر البحار). وفي عام 2015، تم تغيير اسم المركز إلى مركز العلوم البيئية ليعكس أهدافه البحثية بشكل أفضل وتمشيا مع التطورات الحاصلة في هذا المجال.
بدأ بذلك المركز مرحلة جديدة؛ فأعاد تجديد رسالته، وشكَّل هيكلاً تنظيميا جديدا، حيث تم تقسيم أنشطته البحثية ضمن عدة فرق بحثية، وهي: فريق العلوم البحرية الذي يشمل علم المحيطات الفيزيائي والكيميائي، وفريق البيئة الذي يضم الأحياء البحرية والبرية، وفريق علوم الغلاف الجوي وعلوم الأرض. تتماشى الاستراتيجية البحثية الجديدة لمركز العلوم البيئية مع رؤية قطر الوطنية لعام 2030 فيما يتعلق بـ: "إدارة البيئة لتحقيق الانسجام بين النمو الاقتصادي، والتنمية الاجتماعية وحماية البيئة". علاوة على ذلك، عزز المركز من شراكاته الاستراتيجية مع العديد من المراكز البحثية العالمية المشابهة من خلال مذكرات تفاهم تركز على البحوث والخدمات مع الجهات الحكومية والشركاء الأساسيين في داخل البلاد ومع الجامعات ومراكز البحوث العالمية من خلال مشاريع التمويل المشترك.
استبدل المركز سفينته البحثية القديمة بسفينة بحثية متقدمة هي هدية للمركز من صاحب السمو أمير البلاد أطلق عليها اسم (جنان). وتدعم السفينة المتطورة الجديدة المزودة بأحدث التقنيات اللازمة لدراسة البيئة البحرية المساعي البحثية المتزايدة لمركز العلوم البيئية في علوم البحار والغلاف الجوي بقدرتها الفائقة على إجراء مهمات علمية عبر الخليج العربي.