تهدف منح التعاون المؤسسي إلى تعزيز الشراكات البحثية بين جامعة قطر ومؤسسات التعليم العالي في دول مجلس التعاون الخليجي، بالإضافة إلى الجامعات العالمية التي ترتبط بجامعة قطر بعلاقات استراتيجية ومذكرات تفاهم موقعة، وتمويل مشترك. يُعدّ هذا النوع من المنح أحد الأدوات المهمة لتوسيع نطاق التعاون الأكاديمي الدولي، وتبادل الخبرات، وتطوير المشاريع البحثية المشتركة ذات الاهتمام المشترك.